Debe recolectar 3 muestras de excremento, en 3 días diferentes. Cada muestra debe ser recolectada en un contenedor diferente. No deben pasar más de 9 días entre la obtención de la primera y la última muestra. Cada muestra debe ser aproximadamente del tamaño de una nuez, o un aproximado de 5 ml (el equivalente a una cucharada sopera) como mínimo cuando se trata de una muestra diarreica. Las muestras pueden ser conservadas en refrigeración mientras son entregadas al laboratorio.